@Parrhèsia
Je vous accorde que la science moderne est pour partie inductive, dans son aspect recherche fondamentale, mais c’est qu’on la confond avec la métaphysique, que les chercheurs font sans le savoir, qui est la recherche des premiers principes. Petite métaphysique naturaliste, sur des régions du réel bien délimitées, mais métaphysique tout de même.

C’est un petit moment qui dure le temps de la naissance d’une théorie, pour la construire, en faisant synthèse de plusieurs faits, mais, ensuite, lorsque la théorie est mise en oeuvre, c’est un art de la déduction par l’analyse des vérités premières qui ont été posées au préalable.

De fait, ne tient-on pas les hypothèses de bases des divers disciplines comme susceptibles de changer en cas d’expérience contradictoire ? C’est bien la preuve qu’elles ne sont que probables, ce qui illustre qu’elles sont issues de raisonnements d’induction. Et comment faire autrement ? Du réel, on ne constate que des faits, il faut s’en abstraire pour énoncer des principes. En cela, cela voue leur usage à se faire avec précaution.

Mais la seule chance de faire que ces hypothèses de base soient rigoureusement valides, c’est d’y adjoindre une inconnue, qui caractérise cette possibilité de l’erreur, et c’est ce que je désigne par Dieu.

Toutes nos théories sont valides, à Dieu près, l’irréductible inconnu.

Bref, voilà ma réponse à Onfray, quant à savoir à quoi sert Dieu dans le domaine intellectuel : prendre en compte la rigueur non absolue de nos raisonnements d’induction, dont la conclusion est toujours nécessairement d’une valeur de vérité seulement probable, ce qui nous propulse dans la modalité logique de contingence.

Cela nous emmène déjà assez loin sur le terrain de l’épistémologie. Je comprends qu’envisager la possibilité de l’erreur, et l’inclure directement à la base de nos axiomes, ennuie quelque peu Onfray, qui affectionne les sentences définitives. J’imagine que c’est un peu par provocation qu’il clame ceci, mais il a aussi certainement une pensée qui donne une part trop belle à la nécessité et néglige trop le contingent. 

Maintenant, le fait qu’il se plaigne qu’une religion n’est pas cohérente, montre bien qu’il n’a pas compris le truc. Avec un axiome "flou" et défini comme énigmatique au départ, qui plus est vivant, donc susceptible de changement, aucune incohérence n’existe jamais.