Lors de l’Affaire Dreyfus, une grande partie du clergé, animée par un anti-judaïsme chrétien et par un « cléricalisme de combat », s’est compromise avec la droite monarchiste, ruinant ainsi la politique de ralliement des catholiques à la République encouragée par le pape Léon XIII . La loi de 1905 est donc un résultat indirect de la politique de « défense républicaine » lancée par le gouvernement Waldeck-Rousseau contre le « triple danger nationaliste, antisémite et clérical ».