Pour répondre sérieusement à ces questions il faudrait un vaste colloque ou un ouvrage qui déborde immensément le cadre de ce commentaire.

Mais bref (c’est le cas de le dire) tentons de répondre très imparfaitement.
1-Les droits de l’homme ont été énoncés dans un contexte historique qui permet d’en éclairer le sens : pour sortir de l’arbitraire des édits royaux ou des privilèges de l’aristocratie, il fallait trouver des droits qui puissent être admis par tous parce que n’émanant d’aucune instance transcendante (religieuse ou coutumière).
Il fallait donc une convention qui puisse être admise comme universelle, non pas parce qu’elle est naturelle (la nature est, elle n’impose rien) mais parce que s’imposant à tous, chacun peut s’y soumettre sans s’aliéner ou s’asservir.
Rousseau disait en substance une loi telle que chacun s’y soumette sans obéir à quiconque.

2-C’est parce qu’ils sont universels en théorie qu’ils permettent à chacun d’accepter l’autre. Ici on peut penser à deux auteurs, Kant et Levi-Strauss .
Kant universalise la morale par la maxime suivante : "Agis de telle sorte que tu considère l’humanité en ta personne et en celle d’autrui toujours comme une fin, jamais comme un moyen."

Dans son discours, Race et Histoire , Levi-Strauss dit "Le barbare, c’est celui qui croit en la barbarie". Autrement je ne suis humain que si je reconnais l’autre comme tel, qu’il soit proche ou lointain, semblable ou différent.

3-La dernière question est d’ordre épistémologique et renvoie à un vieux débat du xx° siècle. La science progresse-t-elle par rupture ou continuité ?

Qui a raison, Auguste Comte et les positivistes ? ou Bachelard et les adeptes de la rupture épistémologique ?

Probablement les uns et les autres selon les époques et les disciplines.

En revanche une science n’est jamais achevée et donc théoriquement toujours réfutable (Karl Popper).

Une théorie scientifique qui prétendrait avoir le dernier mot pzerdrait son caractère de scientificité pour devenir une doctrine.

C’est toute la question de la scientificité de la théorie freudienne : à vouloir faire tout entrer dans son paradigme explicatif, il quitte le terrain scientifique auquel pourtant il se voulait si attaché.

J’espère que ces quelques propos nécessairement lacunaires et un peu décousus vous permettront cependant de réfléchir à ces sujets.