Napoléon était franc-maçon, révolutionnaire, royaliste, musulman, etc... cette analyse à rebours n’est absolument pas convaincante.

Les franc-maçons étaient très influents sous le Directoire et il est certain que Napoléon a bénéficié de complicité interne pour réussir son coup d’Etat et connaître une ascension aussi rapide. Il est non moins certain qu’il a mis à profit les réseaux franc-maçons pour renforcer sa main-mise sur l’appareil d’Etat et étendre sa domination supranationale sur l’Europe - ce qui lui permettait en même temps d’exercer une surveillance étroite sur les activités potentiellement subversives de la franc-maçonnerie.

Pour Napoléon, la franc-maçonnerie était à la fois une formidable opportunité d’accroître son pouvoir (grâce à ses puissants réseaux d’influence) et une menace. Et tout laisse accroire que la maçonnerie le percevait en réalité de la même manière.

Excellent article sur le sujet (et sur l’origine de la théorie du complot maçonnique) :

http://www.eric-verhaeghe.fr/napoleon-fils-dun-complot-maconnique/

Pour Bonaparte, cette influence de la maçonnerie sur les idées et les décisions politiques constituait une menace.
La franc-maçonnerie en 1799 est très dispersée, volatile dirait-on aujourd’hui, difficile à contrôler, et potentiellement dangereuse, même si elle sort exsangue de la décennie révolutionnaire.
Bonaparte va mener une double politique vis-à-vis de la maçonnerie : développement, et mise sous contrôle.
Pour toutes ces raisons, il a misé sur la franc-maçonnerie, mais avec une confiance limitée. Le fait qu’il maintienne vis-à-vis d’elle un réseau étroit de surveillance l’atteste.

Et cet article semble confirmer le caractère très opportuniste des relations entre Bonaparte et la maçonnerie :

http://www.napoleon-empire.net/franc-macon.php

Après la première abdication et son exil à l’île d’Elbe, le Grand Orient apporte aussitôt son soutien à Louis XVIII, affirmant que l’Empire n’était qu’une tyrannie. Cela amène de nombreux maçons à démissionner, d’autant que le Grand Orient change à nouveau d’opinion pendant les Cent-Jours.
La chute de Napoleon entraîne, dans une grande mesure, celle de la franc-maçonnerie. Louis XVIII étant revenu au pouvoir, la "Terreur blanche" à laquelle participent les Chevaliers de la Foi, dont est membre le général franc-maçon Amédée Willot de Gramprez, décime l’armée et les loges. Le duc Elie Decazes, préfet de police, membre du Suprême Conseil de France, arrive à peine à limiter les attaques contre les maçons. Ces derniers vont faire preuve dans les années qui suivent, comme la plupart des hommes publics, d’opportunisme politique.