La vraie phrase serait « Massacrez-les, car le seigneur connaît les siens » et n’aurait jamais été prononcée.

mais on ne la trouve pas dans les évangiles et ni dans la théologie chrétienne.

Par contre elle est théologiquement exacte puisqu’elle fait référence à la doctrine saint-augustinienne de la Prédestination. Dieu "connaissant les siens de toute éternité ("Je connaîtrai vraiment, comme Dieu m’a connu"), l’âme des Elus qui ont reçu la Grâce divine est déjà sauvée : on peut donc les massacrer sans craindre pour son propre Salut. La phrase veut donc simplement dire "N’ayez crainte d’aller en Enfer pour avoir tué des chrétiens" et elle n’est pas choquante du point de vue de la pensée médiévale, qui n’accorde de valeur à la vie terrestre que dans la mesure où elle permet d’obtenir le Salut à travers le respect scrupuleux des enseignements de l’Eglise.