Tu te trompes complètement, car la science est fondée sur des principes qui viennent en ligne directe de la métaphysique. Par exemple l’hylémorphisme.
 
La science a deux étages :
1° Les principes qu’elle pose, non destinés à être démontrés (vitesse de la lumière constante et indépassable, photon, dualité onde-corpuscule,...etc)
2° Les discours qu’elle construit par-dessus.
 
Ton discours tombe à l’eau, parce que notre conception de Dieu est celui d’un Dieu rationnel qui a fait le monde rationnellement : S’il peut intervenir exceptionnellement en organisant les contingences (miracle), pour tout ce qui est des nécessités naturelles (la causalité, les vérités éternelles), son intervention est immédiate et rationnelle (issue de son entendement, donc compréhensible par nous).
 
Référez vous à la monadologie de Leibniz :
" 46. Cependant il ne faut point s’imaginer avec quelques-uns, que les vérités éternelles, étant dépendantes de Dieu, sont arbitraires et dépendent de sa volonté, comme Descartes paraît l’avoir pris et puis M. Poiret. Cela n’est véritable que des vérités contingentes, dont le principe est la convenance ou le choix du meilleur ; au lieu que les vérités nécessaires dépendent uniquement de son entendement, et en sont l’objet interne"

Réfléchir à la métaphysique, c’est réfléchir aux principes que la science pose en amont des ses discours explicatifs. La réflexion métaphysique implique de faire la synthèse entre une multitude de phénomènes épars pour trouver des principes unificateurs.

Une réflexion métaphysique est analogique (ana- : préfixe grec "de bas en haut") : elle part des phénomènes (le monde, en bas) pour produire des principes unificateurs (Dieu, tout en haut).

La réflexion scientifique est catégorique (cata- : préfixe grec "de haut en bas") : elle part de principes (en haut) pour en déduire des phénomènes (en bas) par un discours logique.

Comme il faut bien réfléchir sur les principes que la science, la réflexion métaphysique et la réflexion sur Dieu est indispensable pour maintenir des principes cohérents, ce qui hélas n’est plus fait, ce qui aboutit à une science dont les principes deviennent de plus en plus incohérents et qui devient ainsi inutilisable en pratique.

La faiblesse de la réflexion métaphysique engendre une faiblesse des principes posés en amont des modèles scientifiques.