Majoritairement, c’est des séquences des gènes Orf1a & b (qui inclut la zone RdRp) : Orf1a, RdRp, Orf1b... E (Enveloppe) et N (Nucléoprotéine) qui sont ciblées.
Mais on peut faire des tests spécifiques qui recherche des séquences du gène Orf2, CAD la protéine S (Spike) pour discriminer de quel variant on parle.