Selon le documentaire de Maria Poumier : Au moment de l’attentat les dirigeants de l’AMIA et ceux du DAIA (l’équivalent du CRIF en France et de l’AIPAC aux USA), avaient tous été invités par la radio juive JAI dans un bar situé à 100 mètres de l’AMIA, si bien qu’aucun d’entre eux ne figure sur la liste des 85 victimes.
Depuis quelques années, l’Argentine s’était engagée à fournir une aide dans le domaine du nucléaire. L’Israël voyait cette relation d’un très mauvais œil, obsédée qu’elle était déjà à l’époque par une éventuelle détention de l’arme nucléaire par un pays voisin et considéré comme ennemi.
L’AMIA n’était pas une structure communautaire anodine : proche des travaillistes, pro Rabin, favorable à la paix, elle n’est pas bien considérée par l’extrême droite sioniste et pro israélienne. L’attentat contre l’AMIA survient 16 jours après le retour triomphal de Yasser Arafat en Palestine, suite à la signature des accords d’Oslo 2. Son artisan israélien, le président Rabin, sera assassiné par un extrémiste juif un an plus tard, en novembre 1995. Dans l’hypothèse d’un attentat planifié par les services israéliens, le choix de cette cible se comprend mieux : c’est à la fois un message au gouvernement argentin et un message des « faucons » israéliens aux « colombes » de la communauté juive organisée d’Argentine.
L’un des principaux suspects inculpés, Carlos Telleldin, qui aurait fourni le véhicule piégé, a été surpris en train d’accepter 400000 dollars de la part du juge Galeano qui lui demandait d’accuser le commissaire Juan José Ribelli , de la police urbaine de Buenos Aires, de complicité dans l’achat du véhicule. Cette somme avait été fournie au juge par les services secrets argentins, la SIDE, dépendant du ministre de l’intérieur Carlos Corach. Ribelli est incarcéré dans un premier temps à cause de cette accusation, mais son avocat parvient à se procurer par cambriolage la vidéo de l’entretien et à la diffuser à la télévision, ce qui suscite un énorme scandale et la libération immédiate du commissaire. Tous les argentins et iraniens qui seront arrêtés par la suite seront finalement innocentés et relachés.