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En janvier sur un forum de statistique R avec l’épidémie en Chine la discussion à basculé sur les modèles mathématiques de propagantion d’épidémie.

Un chinois avait sorti un modèle assez robuste sous R qui prenait en compte le transport aérien. Il prévenait du passage en pandémie si on bloquait pas les avions au sol.

Le gouvernement chinois l’a entendu mais pas les gouvernements occidentaux.

Sinon c’était la discussion sur la régression logistique qui avait fait ses preuves par le passé et qui avait l’avantage de se calculer avec une calculatrice scientifique.

J’avais sous R un modèle de modélisation pour les maladies à vecteur style dengue ou chikungunya.

Une page et demi de code, le délire va jusqu’à mettre en variable le nombre de piqures de moustiques par jour. Plus on met des variables, plus on risque de se planter sur de l’exponentiel. Le modèle de Niel Ferguson c’est bien plus qu’une page et demi de programme, une usine à gaz.

Ca c’est un point de vue théorique, dans la pratique on supprime le vecteur qu’est le moustique. On sait que dans sa vie il fait 300m de déplacement, une fulmigation 300m autour du réservoir que sont les humains et l’affaire est close.

Le cas Neil Fergusson on en a aussi parlé. Une boite noire son algorithme mais on peut estimer son fonctionnement. D’après les parutions passées avec un p de 0,05 il y a un rapport de 1000 en général entre le mini et le max. Ca pose sérieusement question.

Pour l’étude propre au covid, son nombre de morts correspondait à une population de 290 millions d’habitants en Angleterre.

Dans les différents écrits paru on voyait qu’ils employaient un R0 de 3,5 à 7, du non vu sauf une fois dans le nord de l’Italie dû à un rattrapage administratif de chiffres.

On voyait aussi des taux de létalité qui se balladaient de 0,5 à 3,5.

C’était je tord les variables pour que ça donne un résultat potable.

Et c’est sur cette merde que se sont basé nos décideurs.

Le mathématicien de la vidéo, ça tombe bien il a fait la même école d’ingénieur que mon filleul, je connais un peu mieux son cursus.

Sa thèse était sur l’amélioration des évents des moules de coulées, c’est assez loin des mathématiques pures.

Les cours qu’il donne c’est des maths appliquées aux gaz.

Un épidémiologue c’est 3 ans de stats après avoir fait médecine.

En écoutant la vidéo je me suis aperçu qu’il ne connait pas grand chose au R0 et encore moins en épidémiologie. Il donne des arguments speudo-médicaux au lieu d’arguments de stats épidémiologiques.

Dans son discours on voit que c’est la brasse coulée en stats épidémiologiques.

Pour résumer, il a raison vis à vis de l’usine à gaz de Niel Ferguson.
Mais ça ne veut pas dire qu’il a raison sur le reste.

En plus comme les médias il prend en compte les morts, ça joue sur l’émotionnel mais d’un point de vue épidémiologique on s’en fout, c’est un effet et non une cause.

Le R0 c’est la transmisibilité X le nombre de contact X la durée de contagiosité. C’est tout.
Si j’en tient compte pour le confinement, dans le XVIème arrondissement où il y a de la place dans les logements c’est efficace, en Seine saint Denis ou les logements c’est plus populeux c’est un facteur agravant.

D’un point de vue mathématique, le problème c’est le nombre de personnes au même endroit non ventilé sans masque.

Le nombre de personnes c’est exponentiel et une personne contagieuse sans masque augmente le risque d’un facteur 70.
Si les gens ont conscience de ce risque il est nul besoin d’avoir des contraintes.

Dans les médias on parle des morts, on fait de l’émotionnel. Ca polémique, on retransmet toutes les conneries, mais ça n’explique pas aux français comment s’en protéger.

Un exemple chiffré pour comprendre.
Chez moi il y a une prévalence de 150/100000. Le risque qu’en face de moi il y ait une personne contaminante est de 0,15% que je multiplie par deux car on sait qu’il y a 2 à 3 fois plus de cas réels que de cas recensés, je prend 0,3%

Si la personne contaminante à 1m pendant plus de 15 minutes dans un lieu mal ventilé à son masque mon risque descend à 0,023%

Si je vais à une fête de 10 personnes sans masque le risque monte à 2,9% et le risque d’en mourir à 0,0145%, ça ne m’affole pas trop.

Si je vais à une fête de 100 personnes sans masques le risque monte à 26%.

200 personnes 45%.

Est-ce que ça à voir avec le confinement ? Non.
Est-ce que ça à voir avec le couvre-feu ? Un peu quand même ça empêche le festif de groupe.

Au fait qui a fait la pub pour les calculs de Ferguson ? Oui les médias et nos dirigeants réagissent plus aux médias qu’au bon sens.

Où j’étais pas de Ferguson dans les médias, ça s’est beaucoup mieux passé, ça écoutait les épidémiologistes, c’est un coin où il sont assez souvent concernés par les maladies tropicales et la population à pris l’habitude de leur faire confiance. Il n’y a pas eu de confinement. Une connerie politique quand même, ils ont maintenu les élections, en amont c’est assez carnaval de Rio et la deuxième vague est arrivée.

Nota : Ferguson ne faisait pas partie du conseil scientifique. Le gouvernement ne l’écoutait quand ça l’intéressait. En août quand le Re a remonté, ils ont alerté, pas d’écoute. Quand ils disaient que le confinement n’est pas nécessaire partout, pas d’écoute.