Dubitatif

Pour fabriquer/extraire des aimants, il faut de l’énergie, que ça soit géologiquement accumulé sur des milliers d’années, ou par fabrication.
Il faut savoir aussi que les aimants finissent par se démagnétiser en cas d’utilisation continue (ou s’ils sont trop chauffés).

Donc si on prend la chaîne de A à Z, on n’a pas d’énergie surnuméraire.

ça peut être très pratique pour avoir un générateur dans un endroit isolé.

Mais ça ne viole pas la thermodynamique, il y a juste un décalage dans le temps entre l’accumulation de l’énergie (formation géologique ou fabrication) et la consommation de ce "potentiel" crée (et la différence entre les 2 sera négative, sous-numéraire).

Il faut aussi s’accorder sur un système fermé en thermodynamique, c’est une vue de l’esprit, le seul système fermé connu à l’heure actuelle est "l’univers" (qui aurait une énergie globale constante si on additionne tout), (et encore en cas de multi-univers et de dimensions // on aurait des échanges avec ceux-ci).

Dans les laboratoires, on essaye au maximum d’isoler les expérimentations des variables extérieures, mais il y a toujours des flux extérieurs (thermique, gravité, champs électro-magnétiques, rayons cosmiques, neutrinos...).
Un simple panneau solaire thermique (2 vitres et un tuyau qui serpente à l’intérieur) est un système "surnuméraire" vis à vis de l’utilisateur (chaleur "gratuite"), mais utilise une source d’énergie externe (le soleil). Ce n’est pas un système "isolé".

Un avion en mode "décapotable"
https://fr.wikipedia.org/wiki/Vol_243_Aloha_Airlines

@Zatara
Je crois que malheureusement, le coût de maintenance d’un tel projet sera plus "proche" de l’avion que d’un train classique, à la moindre remise en pression, même légère, les performances tomberont de manière drastique, créant un problème d’exploitation commerciale (retards, annulation, désaffection des passager...).

Les avions sont indépendants, un problème sur un avion n’affecte pas toute la flotte commerciale, là, un problème sur la voie et c’est toute l’exploitation commerciale qui est affectée (à la fin, c’est pour faire de l’argent quand même).

Quand à l’avion, s’il dépressurise, il y a les masques à oxygène et descente à 2000-2500m (il ne faut pas être au dessus d’une chaîne de montagne à ce moment là, on est d’accord  ) et des passagers mécontents parce que l’avion va devoir atterrir à l’aéroport le plus proche au lieu de la destination finale !

Quitte à se la jouer "SF", autant imaginer un "Maglev" qui utilise la MHD (Magnéto-Hydro-Dynamique) en claquant électriquement l’air pour réduire la résistance de l’air, ça ferait des beau arcs électriques sur son passage 
Par contre, le prix de la voie est rédhibitoire avec les technos actuelles.

Mais sans aller jusque là, un hybride aérotrain avec moteur magnétique linéaire (voie béton en T en hauteur avec 2 surfaces de contacts métallique, entretien quasi nul) a 200-250km/h (ration vitesse/consommation pour des distances moyennes) seraient déjà pas mal pour les zones non desservies actuellement, et un prototype a existé en 1969 ! (Dans certaines vidéos sur l’aérotrain, on peut même le voir en fonctionnement).
https://fr.wikipedia.org/wiki/A%C3%A9rotrain_S44
http://www.jean-bertin.fr/index.php?post/2012/06/21/L-A%C3%A9rotrain-S44

Autant mon côté SF aimerait y croire, autant mon côté pragmatique me dit quasiment aucune chance.

En fait, il y a 2 écueils principaux a ce projet (en admettant que la technologie soit au point) :
- La sécurité, comment évacuer les passager si le train s’arrête au milieu de parcours en étant dans un tunnel étanche et sous vide (au moins dans un train classique, on peut toujours évacuer sur la voie dans le pire des cas et même pour l’avion à moins d’une défaillance catastrophique, beaucoup arrivent à atterrir et évacuer les passager).
- La maintenance, pour arriver aux vitesses annoncées, il faut vraiment que le "vide" soit constant, hors les pompes sont des éléments mécaniques et ça tombe en panne, s’il faut en placer tous les 1,5km (d’après un message plus haut), ça veut dire que sur 100km, il faut 60 stations de pompages, donc inspection très régulière par l’extérieur (et donc en "4x4") de la voie (qui est opaque) et des stations. Le moindre défaut de vide et vous vous retrouvez avec un truc inutilisable.
Un train classique peut rouler a vitesse réduite avec des équipements de voie en panne.

Après, il y a des points qui ne sont pas abordés, les aiguillages (cf monorail pour voir le bazar du "monovoie"), les sas entre l’extérieur et la voie sous vide, les coussins d’air pour une voie dans le vide (donc encore plus d’énergie dégagée pour le pompage dans les 2 sens, un pour créer le coussin d’air, l’autre pour vider le tube), la propulsion, si c’est une hélice, elle ne pourra pas s’appuyer sur l’air vu que la voie est sous vide, et si c’est magnétique, ça coûtera encore plus cher en infrastructure et maintenance.
Et vu les problèmes d’aiguillages et de sas, je pense plus à une navette qui fait des A/R sur la même voie pour simplifier encore plus la chose.

A noter, que dans l’idée de départ, ça devait fonctionner comme un tube pneumatique de courrier (un pauvre tuyau fermé), et ça me semble un peu plus jouable dans le principe (mais les vitesses seront moins élevées), pas de sas de compression/décompression, seulement 2 stations pour injecter la pression 1 à chaque terminus, le coussin d’air se serait crée automatiquement avec les fuites autour de la capsule passager qui devient totalement passive, et pour le freinage, il suffit de fermer le tube à l’arrivée en fin de course pour créer un freinage aérodynamique.